東京・八丈島近海。世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設『パシフィック・ブイ』の本格稼働に向けて、世界各国のエンジニアが集結。そこでは顔認証システムを応用した、とある『新技術』のテストが進められていた。一方、園子の招待で少年探偵団と共に八丈島を訪れたコナンもとへ沖矢昴（東都大学大学院工学部の大学院生＝沖矢昴／ＦＢＩ捜査官＝赤井秀一／黒ずくめの組織＝ライ）から、ユーロポールの職員がドイツで黒ずくめの組織・ジンに殺害された、という一本の電話が。不穏に思ったコナンは施設内に潜入すると、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生…！さらに彼女が持っていた、ある情報を記すUSBが組織の手に渡ってしまう…。そして灰原哀（少年探偵団＝灰原哀／宮野志保／黒ずくめの組織＝シェリー）のもとにも、黒い影が忍び寄る…。
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