世界初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン》がデスゲームと化し、１万人のユーザーがゲームの世界に閉じ込められてから、既にひと月以上が過ぎていた。鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》第一層を攻略したアスナは、キリトとコンビを組んだまま、最上階を目指し旅を続けていた。女情報屋アルゴの協力も加わり、攻略は順調に進んでいるかのように見えたが……攻略を先導するトッププレイヤー集団、《ALS》（アインクラッド解放隊）と《DKB》（ドラゴンナイツブリゲード）。本来は共闘すべき2大ギルドの対立が勃発する。その陰には、暗躍する謎の人物の姿が――。死と隣合わせの危険な戦いのなか、《攻略》とはまた異なる《脅威》が、アスナとキリトを巻き込んでいく――！
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